在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

设计数据

1、从光敏提升细胞膜中拆分DNA交连血清质

为了更好地转移光化学交连淀粉酶质-DNA组合物用作LC-MS概述，作家的开发一堆种退行纯化计划书，可从DNA中我们要要不是是化学交连淀粉酶质，仅在的照射时根据直观表观遗传组接触性生物富集DNA化学交连淀粉酶质。用TRIZOL转化成复染质并我们要除入狱获的非化学交连淀粉酶，但是将其如何水解以确定RNase消化不好不好。根据超声检查截取偶然所得淀粉酶质化学交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中煮开退行，并在二被氧化硅离心式柱上严重洗條以我们要要不是是化学交连淀粉酶质随后成功完成。根据核酸酶处置从DNA中保持光化学交连淀粉酶，并确定胰淀粉酶酶消化不好不好用作LC-MS概述。该步骤排列顺序为淀粉酶质化学交连DNA转化成或XDNAX。

图1.蛋清质交连DNA提炼或XDNAX流程步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可简单学习DNA的淀粉酶质图谱

将光交连的方法应运于MCF7受损人体细胞，察觉了1,805种待选核苷酸酶，表中1,191种的存在于3个或许多次反复重复中。60%的DNA彼此效应组可能含有核酸整合的GO标注，在由于缺乏核酸整合标注的核苷酸酶质中，最大程度的功绩位于核纤层核苷酸酶，二是进入刺绣质团队和受损人体细胞分裂主义的核苷酸酶质（图2）。

图2 . 可可以接受 DNA 的营养物质质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA之间帮助组所蕴涵的核血清质含量-DNA介面简述含盖的核苷酸交连肽。这举个例子考虑到（1）球状DNA构建设计域、（2）DNA 构建无序性区（IDR）和（3）考虑到与别的核血清质含量（举个例子组核血清构建核血清）、RNA（举个例子剪接细胞）或相剥离 区室（举个例子核仁核血清）之间帮助而影响的环境近乎。

图3 . 可可以直接接处 DNA的格局域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法细胞膜扰动这段时间与DNA紧密结合的转录细胞

雌生长性雌二醇血清激酶α（ESR1）驻滞留胞质溶胶中，终究会会遇到其配体，驱散易位到受损細胞，在哪里有它与DNA组中的其他部分搭配以成功激活其他的转录程度。将血清饥饿的MCF7受损細胞表露于高药量雌生长性雌二醇（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟网补救的照表受损細胞相对较他们的DNA之间角色组（图4A）。在当中，雌生长性雌二醇激发后DNA之间角色组中的ESR1增大了30倍（图4B）。总的说，在1,814个定量分析的血清质-DNA之间角色中，约有9%体现出超越2倍的相关系数波动，并分析到与ESR1极具之间角色的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙加工乳腺癌癌人体细胞 DNA 间接效应组的按量相比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结ppt

学习入驻DNA组的血清质以了解它是是怎样被载入并付诸时间的，向来是科学人个继续的向往。DNA组可及性重点以DNA为心中的想法去学习，只不过，到现今到止，染色剂质疑胶中的的血清质与DNA 发生的数学共同目的尚不看清楚。用到零范围光热塑，可看见DNA共同目的组中的绝大部分数血清质，XDNAX的技术将成为血清质-DNA共同目的学习的坚强生产工具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、修饰语组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

关联性文献资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.