
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化体现核蛋白组学产品,实现1000+玄妙度突显位点检测,平稳重新径典靶点,全八卦方位生信剖析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“会发现”到“确认”全注意事项服务管理,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、进行实验工艺流程
02、实测值数据源
03、经“点”显现
在评测统计数据中,检测出若干学术论文中简报的經典靶点以至于衣康酸呈现位点,如一是个被得知的衣康酸共价呈现球淀粉酶KEAP1,还是糖酵解环路中的3个根本酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,及炎性小体組成球淀粉酶NLRP3和神经元萎缩时中的根本球淀粉酶RIPK3等,其质谱图正确图已知。
04、的产品特征
1.多种质控
商业性的化特情人监测器孵育、SDS-PAGE监测、WB证实、样版涉及性具体分析等双周边所有地方监测,以保证内容然而靠普性。2.高的性能质谱实验仪器游戏平台
在Orbitrap Astral全新这一代高识别质谱仪金刚萨垛下,达成衣康碱化表达位点及蛋白酶鉴定费新程度,机械助力科学的深入分析新感觉。3.全方案一坐式贴心服务
应用场景拜谱生物体更加完善的实验操作的平台,可提拱“细胞核的培养→探头孵育→WB论文在线检测→举重若轻度衣康酸性反应装饰论文在线检测→专有生信深入分析→某些位点PRM检验”全步骤流程的服务,省时省钱更省时。05、剖析介绍(有些)
06、软件中心点
PART 2、论文安利
参考文献一
因为一级标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文名字主题词:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
深入分析文章:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
文献资料二
英语小标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文名名称:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
科研內容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案例库双重性设想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13都具有不弱的底物紧密结合专业能力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物工程衣康硝化作用装饰组测评数据统计中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用淡化(如下所示图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人总结
用作TCA循坏中的中间的分泌物,衣康酸控制分泌、免役和感染彼此的互不功效,为开始改善免役感染性疾患带来了了取代开始改善想法。衣康酸机构中的亲电性α,β-不趋于稳定羧酸机构能对脂肪酸质上的抗逆性半胱氨酸残基开始烷基化遮盖(迈克尔加持不良反应),上述翻译工作后遮盖被被称作“衣康酸遮盖(itaconation)”,接着影向脂肪酸质实用功能,自我调节免役初次应答和分泌前提条件,为多样疾患治疗药物研发项目管理带来了新想法。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化呈现蛋白酶组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物生物学千万降钙素原检测靶向疗法代谢率组(QMT1000)或能源分解靶向药物分解组商品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
选取学术论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.